교육부 차관을 단장으로 하는 중학교 자유학기제 점검ㆍ지원단이  운영된다.   
교육부는 2016년 전면 시행하는 '중학교 자유학기제'를 성공적으로 추진하기 위해 학교정책실장 주재로 운영하던 중학교 자유학기제 점검 지원단을 차관 직속으로 격상하여 운영한다.

교육부는 자유학기제의 중요도를 고려하여 이 같이 격상하고,  신학기를 맞아 매주 점검회의를 개최한다.

특히, 체험활동의 질 제고를 위해 '자유학기제 점검·지원단'을 중심으로 4월까지 범부처 합동으로 체험처 실태를 점검하고, 다음주 중 자유학기제·진로체험협의회를 통해 즉시 추진할 예정이다.
자유학기제진로체험협의회는 교육부 차관을 위원장으로 부처 실･국장(교육부·기재부‧미래부‧행자부‧문체부‧환경부‧고용부‧여가부‧산자부·복지부), 전경련, 대한상의, 대교협, 전문대교협, 전국시군구청장협의회 대표 등 참여한다.

교육부는 농산어촌 중학교를 대상으로 국내 주요 대학과 연계한 진로체험 프로그램을 제공하는 등 소외지역의 자유학기제 체험활동을 지원하는 방안도 마련할 계획이다.