이 책의 1장은 설립 전후 시대배경과 과정, 논쟁점 등 언론과 국민의 관심을 받고 어떻게 재단이 출범했는지 상세히 담았다. 2장은 여러 유관기관과 협조하며 외부 환경에 대응해나간 조직 운영의 사례를 소개했다.

3장은 백서의 핵심이라고 할 수 있는 동아시아 역사 갈등 해소와 독도 영토주권 수호를 위한 다양한 활동이 정리됐다. 1절은 동부공정과 고구려 발해 등 우리 고대사 관련 현안을 비롯해 주변국 교과서 왜곡 문제에 대한 대응 활동을 담았고 2절은 독도영유권 연구와 동해표기 확산을 위한 사업을, 3절은 동북아 역사도서 발간, 자료센터 운영 등을 소개했다.

4장은 동아시아 국가와 미국 유럽 지역 연구자들과 벌인 협력 네트워크 구축사업과 동아시아 역사 교육활동을 담았다. 마지막 5장은 6년 동안 재단이 전개한 모든 사업을 표와 그래프 등을 정리해 부록으로 실었다.

정재정 전 이사장은 발간사에서 "이번 백서가 재단의 활동을 정리하는 수준을 넘어 동북아시아에서 벌어진 역사갈등과 영토 논쟁 현황을 짚어주고, 우리나라가 이를 극복하고 해결하기 위해 어떤 노력을 기울였는지 세계로 발신하는 자료가 될 것이다"라고 말했다.

동북아역사재단, <갈등을 넘어 화해로>, 2012년. 비매품.